Studijní program je organizován v prezenční i kombinované formě. Studijní povinnosti každého studenta a harmonogram jejich plnění stanoví individuální studijní plán (ISP). Během prvních čtyř semestrů studia absolvují studenti předepsané metodologické kurzy, které předpokládají jejich přítomnost na IMS. V dalších dvou letech potom plní další studijní povinnosti ve formě publikační činnosti, aktivní účasti na mezinárodních konferencích a stáži v zahraničí a dokončují disertační výzkum.

Podrobnosti o organizaci a obsahu studia se řídí Pravidly pro organizaci doktorského studia na Institutu mezinárodních studií FSV UK a dalšími příslušnými předpisy fakulty.

V rámci studia se studenti obracejí především na své školitele a dále určeného pracovníka sekretariátu IMS (Andrea Smolíková) nebo případně garanta programu (Tomáš Weiss).