Doktorský program Moderní dějiny cílí na mezinárodní prostředí, a to jak v rámci výzkumu, tak svým celkovým pojetím. Badatelsky se zaměřuje na moderní a soudobé dějiny od 19. století do současnosti, především v transnacionální a komparativní perspektivě. Pod vedením svého školitele student precizuje téma svého výzkumu a píše dizertační práci.  

Zároveň studijní program nabízí a vyžaduje účast na mezinárodních stážích a konferencích a poskytuje velmi širokou škálu kontaktů s předními univerzitami v Evropě a ve světě. Institut mezinárodních studií proto pak vytváří vhodné podmínky a poskytuje široké možnosti krátkodobých i dlouhodobých mobilit a umožňuje dvojí vedení disertační práce, tzv. Cotutelle. Nedílnou součástí studia je také nabytí jazykových dovedností u absolventů, a to nejen na úrovni světových jazyků, ale i na úrovni místních cizích jazyků ve vztahu k územní orientaci studentů.

Studenti programu jsou podle tématu disertační práce a její příslušnosti k příslušnému teritoriu začleněni do života kateder Institutu mezinárodních studií, kde se účastní vědeckých, pedagogických a dalších aktivit:

• Katedra evropských studií
• Katedra německých a rakouských studií
• Katedra severoamerických studií
• Katedra ruských a východoevropských studií

Zároveň se stávají členy jedné z výzkumných skupin na IMS.

Absolventi doktorského oboru splňují předpoklady pro obsazení takových pracovních pozic, pro které je vyžadována samostatná intelektuální tvůrčí činnost, koncepční práce, strukturované a logické myšlení, široká znalostní základna a špičková znalost cizích jazyků. Absolventi nacházejí zaměstnání nebo pokračují ve své profesní kariéře zejména v akademických institucích, veřejné správě a diplomacii, mezinárodních a neziskových organizacích, v médiích a příležitostně v komerční sféře.